“三证合一”之后，税务机关在管理上面临着很多细节问题需要一一解决。作为先行先试地区的辽宁、浙江和江西等地税务机关总结了“三证合一”试运行中显露的问题，并提出解决方案。

　　分支机构信息不全怎么办?

　　辽宁省国税局的李长伟、本报记者王红兵反映，新办理“三证合一”的企业分支机构在办理完工商部门的相关业务后，相关信息在传入国税、地税机关的过程中，无法确认该企业的企业所得税主管税务机关。他们建议，在企业提供资料中或在信息采集表中，应提供或填写总机构的企业所得税所属税务机关情况，以便核定税种时确定企业所得税的管理机关，避免出现漏管现象。

　　部分企业不做备案怎么办?

　　辽宁省国税局的李长伟、本报记者王红兵反映，“三证合一”后，存在部分企业不到税务机关进行备案的情况。他们建议，在推行“三证合一”的工作中，应加强部门间的配合，及时做好相关资料的整合补充和修订。例如，适度增加行政部门内部的文书传递等。

　　传输技术不成熟怎么办?

　　浙江省常山县国税局的曾水华反映，目前传输技术不太成熟，需内外网双线运行传输数据，以致各登记部门工作量不降反升。他建议，统一设置工商登记信息采集表。将税务、工商、质监、社保等部门需要企业提供的相关信息，由企业办理营业执照时一次性提供，工商统一接收、审核、扫描纸质资料，取消税务、质监、社保再审核环节，以提高办证速度和工作效率。只要确保企业登记的联系方式正确，各相关部门遇有疑问或需补充、更新相关登记信息时，可以联系企业进行确认和补正。

　　电子档案管理薄弱怎么办?

　　浙江省常山县国税局的曾水华反映，实现“三证合一”后，税务机关不再收取企业纸质登记资料，全面接收工商扫描的电子登记资料。因此，加强电子档案管理被提上重要议事日程。保管电子档案可方便查询和使用，但对电子档案管理工作的要求提高，需提升档案人员整体素质。

　　企业登记信息识别难怎么办?

　　江西省宜春市地税局的伍青莲、喻高松反映，工商登记制度改革放宽和简化了对住所及注册资本登记等方面的管理要求，但给税务登记信息的完整性和真实性带来影响。他们建议，一是信息互换沟通应到位，把好市场主体准入资料关。这方面，工商窗口能否把好资料审核关对税务机关的后续管理至为重要。同时，税务机关应梳理出需要纳税人提供的涉税资料，如公司章程、投资股东构成及投资比例等。二是后续明责梳理应及时，把住企业登记关。“三证合一”对税务机关后续管理提出新要求，必须尽快调整优化征管流程。例如，应明确纳税服务分局、各管理分局和市局征管科室的职责。宜春市地税局实行了先实地核查再确定是否审核通过的工作机制，及时识别了一些虚假登记行为，并提请工商部门吊销营业执照，在一定程度上控制了虚假登记户和零申报户的增长。